En el 2004 casi descienden a la Segunda División. En el Torneo Apertura 2004 acabó último con 10 puntos, en el Clausura debía hacer 44 puntos para salvarse de la baja, e hicieron 47 con lo que se salvaron en el último partido del año al ganarle 0-1 a Unión Huaral en su estadio, teniendo como técnico al argentino Oscar Malbernat. Fueron segundos del Clausura, pero no les sirvió para clasificar a algún torneo internacional, pues en el acumulado estuvieron muy relegados.
En el Torneo Apertura 2005 acabaron séptimos luego de un mal arranque, pero la remontada no sirvió para llegar a puestos de honor, cosa que si pasó en el Clausura al quedar segundos, clasificando a la Copa Sudamericana 2006.
El 26 y 29 de enero de 2006, el club afronta sus primeros partidos internacionales, San Martín goleó al entonces subcampeón colombiano Real Cartegena de Colombia por 3-0 jugando de visita en el Estadio Arturo Cumplido Sierra, luego cayó por 5-2 frente al Deportivo Pereira en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.
En el Torneo Apertura 2006, luego de una mala racha, Juan Antonio Pizzi fue contratado e hizo que el club llegue a ubicarse entre los clubes de honor, al quedar quinto. Luego en la Copa Sudamericana 2006 fue eliminado por goles de visita ante el Coronel Bolognesi. Perdió 1-0 en Tacna, pero en el Monumental ante 3.000 alumnos de la Universidad, ganó 3-2, siendo su primer triunfo en un torneo continental, pero no pudo pasar a la siguiente fase.
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