En 1945, el equipo se retiró de la liga de Chiclayo, pero en 1952, y ya con la presidencia de Don Guillermo Aurich Bonilla, se decidió formar un nuevo equipo y realizar contrataciones importantes a fin de tener un equipo que pudiera ser considerado para los campeonatos nacionales que se realizaban en esa época.
Fatalmente, el 5 de julio de 1953 ocurrió la primera tragedia que enlutó al deporte peruano. El ómnibus que trasladaba al equipo de regreso hacia Chiclayo, de un encuentro amistoso en Trujillo, invadió la línea férrea y fue interceptado por un tren, lo que produjo un violento choque que causó la muerte de 22 personas incluyendo futbolistas, familiares e hinchas.
En el año 1967, por ubicarse en el tercer lugar de la Copa Perú fue invitado a participar en el Campeonato Descentralizado y al año siguiente se consagró como subcampeón del fútbol peruano, clasificando a la Copa Libertadores de América y siendo el primer equipo provinciano del Perú en hacerlo. Ya en la Libertadores de 1969, el Aurich estuvo en uno de los grupos más ajustados de la historia de la copa, en el que los cuatro equipos empataron en puntaje. A nivel local, se mantuvo muchos años como animador del campeonato hasta su descenso en 1983. Entre 1988 y 1991, participó en los torneos regionales del norte sin lograr título alguno, por lo que no llegó al Descentralizado Nacional.
